Je pense que la faillite de l’expertise en France est d’abord celle du secteur public.
Celle-ci se manifeste de deux façons :

L’organisation hiérarchique de la fonction publique interdit toute possibilité de remise en cause de l’expertise, même en l’absence d’intérêt financier en jeu. Un bon exemple est la tentative de critique de l’enseignement des lettres en France, qui a fini par se solder par la démission de Laurent Lafforgue, un de nos grands mathematiciens, du Haut conseil de l’Education. Pour plus de renseignements, je vous conseille d’aller voir sur le site de Laurent Lafforgue.
Si remise en cause il y a, elle ne peut venir que du pouvoir politique. Or la vision qu’ont les politiques de la façon dont les citoyens perçoivent l’activité du secteur public provient essentiellement des medias, qui, naturellement, ne sont pas neutres, et finalement, constituent non pas le second pouvoir, mais bien le premier pouvoir.
Je rends également responsable l’organisation hiérarchique du secteur public de l’absence de reconnaissance du concept de conflit d’intérêt. La comparaison du nombre d’articles consacrés à la notion de conflit d’intérêt en France et dans le monde anglo-saxon est très parlante, et cela est à mon avis lié au fait que dans notre pays, l’autorité hiérarchique est assimilée dans les faits au bien public. Par conséquent le conflit d’intérêt devient inconcevable. Cette incapacité de la hiérarchie à se remettre en question et à faire autre chose qu’à défendre ses propres intérêts (ce que Claude Allegre a designé, au niveau de la recherche, comme un systeme de type soviétique) fait que la seule possibilité d’émergence pour les scientifiques va être le recours aux médias.

Et là encore, la faillite du secteur public va se manifester, mais d’une autre façon.
En effet, les médias ne sont pas neutres et sont largement manipulables. Par ailleurs le service public a très peu d’argent qu’il peut engager dans le secteur de la formation continue et de la communication. Il suffit en pratique a un groupe industriel de donner un accès aux medias a un scientifique qui va être son porte-parole (soit parce qu’il est directement payé par le groupe industriel, soit parce qu’il est interéssé par le fait d’avoir accès aux medias). Facile : ce sont les groupes industriels qui sont les grands financiers des congrès. Ca aide le porte-parole à être invité comme orateur. Puis on invite des journalistes qui, dans le compte-rendu du congrès, vont surtout rapporter la communication du porte-parole, qui finit par atteindre, au bout de plusieurs congrès, la célébrité médiatique (célébrité qui n’a rien a voir avec la valeur scientifique ; voir par exemple http://fr.wikipedia.org/wiki/Axel_Kahn ). Et c’est là que se manifeste la deuxieme faillite du secteur public : dépendants des financements industriels, les scientifiques sont dans une position où ils sont incapables, à titre personnel, de dénoncer les comportements de ceux qui se prostituent pour les groupes industriels, d’autant plus qu’eux-mêmes sont loin d’être moralement irréprochables (voir plus haut). On peut donc imaginer la constitution de commissions de déontologie, mais elles ont toutes les chances d’être investies par ceux qu’elles devraient juger (exemple : Axel Kahn, membre du Conseil National d’Ethique).

Je pense que la seule solution pour amener à plus de déontologie et plus de transparence est de forcer les experts à déclarer les conflits d’intérêt, et à les réveler (via internet, par exemple) lorsqu’ils n’ont pas été déclarés.